Stwierdzono, że próchnica zębów częściej występuje na obszarach, w których występują niedobory molibdenu. Braki molibdenu prowadzą do zrzeszotowienia kości, zaburzeń w funkcjonowaniu gonad, do uszkodzeń stawów włącznie. Deficyt molibdenu może sprzyjać zatruciu miedzią, nawet w tym przypadku jeżeli jest prawidłowa zawartość tego pierwiastka w pożywieniu. Molibden jest m.in. aktywatorem oksydazy aldehydowej jak również reduktozy azotanowej. Wraz z miedzią, żelazem, cynkiem i kobaltem ma wpływ na wiązanie azotu atmosferycznego przez bakterie korzeniowe. Molibden zmniejsza utylizację miedzi oraz hamuje jej mobilizację z tkanek. Odpowiednia ilość molibdenu w organizmie zapobiega powstawaniu białaczki i ziarnicy złośliwej. Braki powodują biegunki, niektóre choroby nowotworowe, miażdżycę naczyń wieńcowych. Molibden jest pomocny przy niszczeniu wirusów, bakterii, pleśni, pasożytów oraz schorzeń tym wywołanych.